Paneth hücrelerinin Crohn hastalığındaki rolleri ve işlevleri: Eleştirel bir derleme

Paneth hücreleri (PC’ler) ince bağırsak kriptlerinin tabanında bulunur ve bakteriyel, kolinerjik ve diğer enfeksiyonlara yanıt olarak α-defensinleri, insan α-defensin 5’i (HD-5) ve insan α-defensin 6’yı (HD-6) salgılar. α-defensinler, bağırsak mikrobiyotasının kontrolünde ve bağırsak homeostazının korunmasında kritik rol oynayan geniş spektrumlu mikrobisitler. Ülseratif kolit ve Crohn hastalığı (CD) dahil olmak üzere inflamatuar bağırsak hastalığı, komplike bir otoimmün bozukluktur. CD’nin patogenezi genetik faktörleri, çevresel faktörleri ve mikroflorayı içerir. Şaşırtıcı bir şekilde, genetik faktörlerle ilgili olarak, nükleotit bağlayıcı oligomerizasyon alanı 2 (NOD2), otofaji ile ilgili 16 benzeri 1 (ATG16L1), bağışıklıkla ilgili guanozin trifosfataz ailesi M (IRGM) dahil olmak üzere birçok duyarlı gen ve CD’nin patojenik yolları, kanatsız ilişkili entegrasyon bölgesi (Wnt), lösin bakımından zengin tekrar kinaz 2 (LRRK2), histon deasetilazlar (HDAC’ler), kaspaz-8 (Casp8) ve X-box bağlayıcı protein-1 (XBP1), PC’lerle ilgilidir. Altta yatan mekanizmalar çözülürken, PC’ler, mikrobiyota, bağırsak epitelyal bariyer disfonksiyonu ve bağışıklık sistemi arasındaki faktörleri entegre eden CD patogenezinin merkezi unsuru olarak tanımlanır. Bu derlemede, bu genlerin ve yolakların, PC’ler üzerindeki etkileri yoluyla CD patogenezini nasıl düzenlediğini ve bu PC aracılı patojenik süreçlerle başa çıkmak için hangi tedavi yöntemlerinin uygulanabileceğini gösteriyoruz. PC’ler, mikrobiyota, bağırsak epitelyal bariyer disfonksiyonu ve bağışıklık sistemi arasındaki faktörleri entegre eden CD patogenezinin merkezi unsuru olarak tanımlanır. Bu derlemede, bu genlerin ve yolakların, PC’ler üzerindeki etkileri yoluyla CD patogenezini nasıl düzenlediğini ve bu PC aracılı patojenik süreçlerle başa çıkmak için hangi tedavi yöntemlerinin uygulanabileceğini gösteriyoruz. PC’ler, mikrobiyota, bağırsak epitelyal bariyer disfonksiyonu ve bağışıklık sistemi arasındaki faktörleri entegre eden CD patogenezinin merkezi unsuru olarak tanımlanır. Bu derlemede, bu genlerin ve yolakların, PC’ler üzerindeki etkileri yoluyla CD patogenezini nasıl düzenlediğini ve bu PC aracılı patojenik süreçlerle başa çıkmak için hangi tedavi yöntemlerinin uygulanabileceğini gösteriyoruz.

Anahtar Kelimeler: Otofaji; Crohn hastalığı; Paneth hücresi; a-defensinler.

Paneth hücreleri, α-defensinleri ve diğer antimikrobiyal peptitleri salgılayarak Crohn hastalığını önler. Genetik ve çevresel faktörler Paneth hücre işlev bozukluğuna katkıda bulunur ve Crohn hastalığını tetikler. Bu risk faktörlerine karşı potansiyel tedaviler, Crohn hastalığını tedavi etmek için kullanılabilir.

Git:

1. GİRİŞ

Crohn hastalığı (CD), tipik olarak karın ağrısı, kronik ishal, kilo kaybı ve yorgunluk gibi semptomlarla gastrointestinal sistemi tutan kronik inflamatuar bir hastalıktır. 1 ÇH semptomları tekrarlayan ve düzelen bir şekilde ortaya çıksa da, bağırsak hasarına ve sakatlığa yol açan ilerleyici bir hastalıktır. 1 ÇH’nin nedeni ve patofizyolojisi belirsizliğini korusa da, genetik yatkınlık, çevresel faktörler ve bağırsak mikroflorası arasındaki etkileşimden kaynaklandığına ve bunun anormal bir mukozal bağışıklık tepkisine ve kusurlu epitelyal bariyere yol açtığına inanılmaktadır. 1

NOD2, ATG16L1, IRGM, LRRK2 ve XBP1 de dahil olmak üzere Paneth hücreleri üzerinde çeşitli etkiler gösteren birçok otofaji ile ilgili genin IBD patogenezinde yer aldığı bildirildi. Otofaji, sitoplazmik yükü lizozomlara ileten herhangi bir hücresel parçalayıcı yolu ifade eder. 2 Otofaji yoluyla, istilacı bakterilerin yanı sıra hasarlı organeller, otofagozomlar tarafından yutulabilir ve doğuştan gelen bağışıklığın aktivasyonu için gerekli olan bozunma için lizozomlara gönderilebilir. 3 Seçici olmayan bozunmaya ek olarak, otofaji ayrıca belirli hedefleri seçici olarak bozabilir. Örneğin, NOD2, PC veziküllerindeki antimikrobiyal peptitleri (AMP’ler) spesifik olarak tanımlayabilir ve bunları bozunma yerine bağırsak lümenine bırakabilir.

Otofajiye bağlı genler, CD patogenezinde çeşitli roller oynar. NOD2, bağırsak homeostazını koruyan bir model tanıma reseptörüdür. 3 NOD2, otofaji, hücre içi bakteriyel algılama, Toll benzeri reseptör (TLR) sinyallerini baskılayarak bağışıklık toleransını iyileştirme, PC’lerde α-defensin ekspresyonunu düzenleme ve ATG16L1’i bakteri giriş bölgelerinde plazma zarına alma gibi mekanizmalar aracılığıyla işlev görür. 4 ATG16L1, otofagozom zarının genişlemesi ve kapanmasında rol oynayan bir ATG16 homologudur. 5 IRGM, inflamasyon düzenlemesine ve otofaji aktivasyonuna katılır ve bakterisidal etki, vakuolar kaçakçılığı ve asitlendirme, fagozom olgunlaşması ve virüs kaynaklı otofaji ile ilişkilidir. 2 LRRK2, iyi bilinen bir Parkinson hastalığına (PD) duyarlı lokustur. LRRK2 eksikliği, otofajiyi düzenleyerek PC kusurlarına yol açar. 6 Son olarak, bir transkripsiyon faktörü olan XBP1, PC seviyesini düzenleyen katlanmamış bir protein yanıtı (UPR) indükleyicisidir. 7

Ek olarak, diğer genler de PC’lerin düzenlenmesine ve CD’nin önlenmesine katılır. Birincisi, Wnt sinyali, PC farklılaşmasına ve T hücre faktörü 1 (TCF-1), T hücre faktörü 4 (TCF-4) ve lipoprotein reseptörü ile ilgili proteinler 6 (LRP6) dahil olmak üzere ilişkili transkripsiyon faktörlerine aracılık eder ve ayrıca α’yı düzenler -PC’lerde defensin ifadesi. 8 , 9 İkincisi, HDAC’ler PC fenotipini etkiler ve PC fonksiyonlarının kaybıyla ilişkilidir. 10 , 11 Son olarak, iyi bilinen bir apoptoz aracılı protein olan Casp8’in de CD’de PC ölümü ile ilişkili olduğu bulundu. 12

Bu derlemede, bu genlerin ve yolların her birinin çevresel faktörlerle nasıl etkileşime girdiğini ve Paneth hücreleri üzerindeki etkileri yoluyla CD patogenezini nasıl düzenlediğini sırayla gösteriyoruz. Daha sonra, bu PC aracılı patojenik süreçlerle ilgili potansiyel terapötik hedefler tartışılacaktır.Git:

2. NOD2, PC’LERDE α-DEFENSİNLERİN EKSPRESYONUNU VE AMP SIRALAMASINI DOĞRUDAN DÜZENLEYEN CD’Yİ ÖNLER

Nükleotid bağlayıcı oligomerizasyon alanı 2 (NOD2), iki kart alanına sahip 110 kDa’lık bir sitozolik proteindir ve NOD benzeri reseptör (NLR) ailesine aittir. 13 , 14 Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS), NOD2’yi ileal CD için majör bir risk faktörü olarak tanımlamıştır. 15 , 16 Ayrıca, bir meta analize göre, iki mutasyona uğramış NOD2 aleli olan bireylerde CD geliştirme riski 17.1 kata ve basit NOD2 heterozigotlarında 2.4 kata çıkmaktadır. 17 CD’nin koruyucu bir faktörü olarak NOD2, çeşitli işlevler uygular ve birçok türde bağışıklık hücresinde ifade edilir. Özellikle, NOD2, α-defensin ekspresyonu ile ilişkili ileak PC’lerde yüksek oranda eksprese edilir. 18 , 19 Ek olarak, önceki birkaç çalışma, Paneth hücresinin, CD’yi önlemek için NOD2’nin işlev gördüğü merkezi bir konum olduğunu göstermiştir. İlgili mekanizmalar, nükleer faktör κB (NF-κB) ve mitojenle aktive olan protein kinaz (MAPK) yollarının düzenlenmesini, lizozim sınıflandırmasını ve ATG16L1’in alımını içerebilir. 14 , 20 PC’lerde NOD2’nin iki ana işlevi tanıtılacaktır (Şekil 1).Şekil 1

NOD2, PC’lerde AMP α-defensin ekspresyonunu ve AMP’lerin sıralanmasını düzenler. İlk olarak, NOD2, NF-κB yolu yoluyla α-defensin ekspresyonunu doğrudan düzenler. Ayrıca FGFR-3, NOD2 tarafından inhibe edilen MAPK yolu aracılığıyla α-defensin ekspresyonuna aracılık eder. Ek olarak, NOD2-LRRK2-RIP2-RAB2a yolu, AMP sıralamasından sorumludur. Sonunda NOD2, otofajiyi başlatmak için ATG16L1’i işe aldı

İlk olarak, NOD2, PC’lerde insan enterik α-defensinlerinin (HD-5 ve HD-6) ekspresyonunu düzenler. 21 α-defensinlerin doğru ifadesi CD’yi önlemede çok önemlidir. Önceki çalışmalar, NOD2’nin farklı koşullarda a-defensin’i yukarı veya aşağı düzenlemede değişen roller oynadığını göstermiştir. 21 , 22 NOD2 aktivasyonu, NF-κB yolu yoluyla α-defensin ekspresyonunu hafifçe yukarı regüle edebilir. 21 Daha önceki bir çalışmada yürütülen deneylerde, insan PC’leri yerine Caco2 bağırsak epitel hücreleri kullanıldı çünkü ikincisi in vitro hayatta kalmadı. 19 , 23 Ayrıca, bir NOD2 agonisti olan muramil dipeptid (MDP), 24 NOD2’yi etkinleştirmek için kullanıldı. Elde edilen sonuçlar, yalnızca vahşi tip NOD2’ye sahip MDP ile uyarılan Caco2 hücrelerinin, önemli ölçüde daha yüksek bir HD-5 ve HD-6 seviyesi ifade ettiğini gösterdi. Ayrıca, MDP ile uyarılan Caco2 hücreleri, NF-κB inhibitörü BAY117082 ile tedavi edildiğinde, α-defensinlerin yukarı regülasyonu bloke edildi. 21 Beklendiği gibi, MDP ile uyarılan Caco2 hücrelerinden izole edilen bazı NF-κB alt birimleri (p52, p50, RelB ve c-Rel), önemli ölçüde artan DNA bağlama aktivitesi gösterdi. 21 Bu nedenle, NOD2’nin kendisinin NF-κB yolu yoluyla α-defensin ekspresyonunu yukarı regüle ettiği öne sürülmüştür. Bununla birlikte, PC soyunun farklılaşması sırasında, AMP ifadesi NOD2 tarafından aşağı regüle edilebilir. 22 PC farklılaşması sırasında, fibroblast büyüme faktörü reseptörü 3 (FGFR-3) yüksek oranda eksprese edilir ve kritik bir düzenleyici rol oynar. 25 , 26 FGFR-3’ün yüksek afiniteli bir ligandı olan FGF-9, PC soyu boyunca Caco2 hücrelerinde FGFR-3 aracılı sinyalleşmeyi tetiklemek için kullanıldı. 22 Veriler, aktive edilmiş FGFR-3’ün NOD2 aktivasyonu olmaksızın MAPK yolu aracılığıyla α-defensin ekspresyonuna aracılık ettiğini göstermiştir. 21 Bununla birlikte, MDP’nin ek uygulaması, HD5, HD6, lizozim ve sPLA2 dahil olmak üzere AMP ifadesini önemli ölçüde azalttı. 21

İkincisi, NOD2, PC’den türetilen AMP sıralamasına katılır. AMP’ler ER’de sentezlendikten sonra, Golgi ağındaki özel yoğun çekirdek veziküllere (DCV’ler) ayrılmaları gerekir. 27 DCV’ler Golgi ağından tomurcuklandıktan sonra, DCV’ye gönderilmeyen kargolar seçilip bozulmaya yönlendirilirken AMP’ler DCV’lerde tutulacaktır. 20 Ayrıntılı sıralama mekanizmaları bilinmemekle birlikte, deneysel veriler NOD2-LRRK2-RIP2-RAB2a yolunun bunda kritik bir rol oynayabileceğini öne sürdü. 20 Başlangıçta, PC’lerde kargo sınıflandırmasının başlatılması için bağırsak bakterileri gereklidir. 28 Ardından NOD2, LRRK2’yi DCV yüzeyine alır. Daha sonra, kommensal bakteri kaynaklı sinyalizasyon NOD2’nin RIP2 ile kompleks oluşturmasını tetiklerken LRRK2 kompleksin oluşumunu arttırır ve stabilize eder. 20 , 29 Son olarak, Rab2a, RIP2 tarafından doğrudan veya dolaylı olarak DCV yüzeyine alınabilir. 20 Özetle, NOD2 eksikse AMP’ler DCV’lerde kalmak yerine lizozomlara yönlendirilecektir. Bu nedenle, NOD2 eksikliği olan hastalarda PC kaynaklı AMP’lerin eksikliği CD’yi tetikleyebilir.Git:

3. ATG16L1 PC’LERDE OTOFAJİ SÜREKLİ VE ÇEVRESEL STRESE YANIT VEREREK CD’DE KORUYUCU ETKİLER SAĞLAR

Bugüne kadar, IBD’de ATG16L1 birden fazla koruyucu etkileri, Th1 / Th17 yanıtını arttırmak da dahil olmak üzere, keşfedilmiştir 30 miyeloid hücrelerde kolaylaştırıcı konakçı bakteri etkileşimleri 31 ve özellikle de bilgisayar anormalliği ve ölüm önler. ATG16L1’in PC’lerde otofajide oynadığı kilit rol ilk olarak 2008’de rapor edildi. Bu çalışmaya göre, ATG16L1 eksikliği olan farelerin PC’leri granül ekzositoz yolunda çarpıcı anormallikler sergilerken, homozigot ATG16L1 risk aleline sahip CD hastalarının PC’leri benzer anormallikler gösterdi (ifade artan bir leptin proteini seviyesi). 32 Daha sonra, ATG16L1’in PC otofajisindeki tam işlevleri yavaş yavaş aydınlatıldı (Şekil 2). ATG16L1, otofagozom oluşumuna katılır. Otofagozom oluşumu, yaklaşık 30 protein tarafından sağlanır ve otofaji ile ilişkili bir protein 8 (ATG8) ailesi proteini olan mikrotübül ile ilişkili protein hafif zincir 3 (LC3), bunlar arasında önemli bir oyuncudur. 33 Çoğu proteine ​​benzer şekilde, LC3’ün normal şekilde çalışması için etkinleştirilmesi gerekir. LC3 öncülünün C-terminali parçalandıktan sonra, lipid fosfatidiletanolamin yeni C-terminalinde açığa çıkan glisin kalıntısı ile konjuge olmalıdır. 34 , 35 , 36 Bu süreç, otofagozom zarının genişlemesine ve kapanmasına aracılık ettiği görülen LC3 lipidasyonu olarak adlandırılır. Ubiquitin gibi, reaksiyon ATG7 (E1 benzeri enzim), ATG3 (E2 benzeri enzim) ve ATG5-ATG12-ATG16 kompleksi (E3 benzeri enzim) tarafından kolaylaştırılır. 37 , 38şekil 2

ATG16L1 ve IRGM, otofajiyi düzenleyerek ve inflamasyonu inhibe ederek CD’yi önler. Başlangıç ​​olarak, ATG16L1, ATG5 ve ATG12 yardımıyla LC3 lipidasyonuna aracılık ederek otofagozom genişlemesini ve kapanmasını düzenler. Ayrıca, IRGM, otofajiyi destekleyen ULK1 ve Beclin 1’i aktive eden fosforilasyon kademesini başlatır. Son olarak, IRGM, NLRP3’ün SQSTM1/p62’ye bağlı seçici otofajisine aracılık ederek ve NLRP3 ile ASC’nin polimerizasyonunu engelleyerek NLRP3 iltihaplanmasını inhibe eder

Yakın tarihli bir araştırmaya dayanarak, ATG16L1 eksikliğinden kaynaklanan otofaji bozukluğu, PC’lerde proteomik bolluk profillerini değiştirir. 39 Yapılan deneyde, hem WT hem de ATG16L1 eksikliği olan farelerden elde edilen PC açısından zengin organoidlerde 283 protein (284 insan ortolog proteinine karşılık gelir) tespit edildi. Elde edilen sonuçlar, 81’i ATG16L1’i hedef alan 116 proteinin bolluğunun önemli ölçüde değiştiğini gösterdi ve bu, çeşitli proteinlerin ve fonksiyonların ATG16L1’den etkilenebileceğini gösterdi. 36 Daha da önemlisi, bolluğu değişmiş proteinler 16 ana hücre fonksiyonel işlemine göre sınıflandırıldıktan sonra, ekzositozun inhibe edildiği tespit edildi. 39 Yukarıda bahsedildiği gibi, defensinler ve antibakteriyel peptitler, büyük ölçüde PC’ler tarafından ekzositoz yoluyla salgılandı. Bu nedenle, ATG16L1 eksikliği olan PC’lerin arızalanması CD’yi tetikleyebilir.

Ayrıca, ATG16L1, mitokondriyal homeostazı koruyarak TNF-α aracılı PC nekroptozunu önler. 5 Yaygın olarak bildirildiği gibi, ATG16L1 eksikliği otofaji bozukluğuna neden olur. Otofajinin işlevlerinden biri, reaktif oksijen türleri (ROS) biriktiğinde mitokondriyi geri dönüştürmektir. 40 Belirli bir araştırmaya göre, önemli miktarda ROS biriktiren ve otofaji yoluyla bozulmayan mitokondri, PC’lerin TNF-α aracılı nekroptoza duyarlılığına katkıda bulunmuştur. 5 Beklendiği gibi, ATG16L1 ^ΔIEC organoidlerinde nekrotik PC ölümü ve mitokondriyal anormallik bulundu . 5 Şaşırtıcı bir şekilde, hem nekrostatin-1 (Nec-1) hem de antioksidan N’de kurtarma etkileri bulundu.-asetil- l- sistein (NAC). 5 Nec-1, TNF-α yolunu kesintiye uğratan bir RIPK1 41 inhibitörüdür ve NAC, mitokondride ROS’un temizlenmesine yardımcı olabilir. Ayrıca, mitokondriyal membran üzerinde otofaji bozulmasını yönlendiren bir protein olan Parkin’in (Park2) tek silinmesi, 42 organoidleri TNF-α kaynaklı ölüme duyarlı hale getirdi. 5

Ek olarak, ATG16L1 geni, PC işlevini etkilemek için çevresel faktörlerle etkileşime girebilir. İlk olarak, ATG16L1 aracılı otofaji, açlıkla düzenlenebilir. 34 ATG16L1 fagoforlara alınmadan önce, önemli bir ATG16L1, 43 kaynağı olan plazma zarına bağlanan ATG16L1 proteinlerinin endositoz yoluyla içselleştirilmesi gerekir ve ATG16L1 içeren veziküllerin diğer veziküllere (örneğin ATG9A içeren veziküller) füzyonu gerekir. yönlendirilmek üzere. 34 Hücreler açlığa maruz kaldığında, c-Jun’un promotörüne bağlanmasını artıran JNK aktive olur. 44 Bunu takiben, Annexin A2 transkripsiyonu yukarı doğru düzenlenir, bu da artan endositoza ve ATG16L1 içeren veziküllerin homotipik füzyonuna yol açabilir. 45 İkincisi, sigara içmek, CD’de PC kusurunu tetiklemek için ATG16L1 ^T300A geni ile etkileşime girer . ATG16L1 ^T300A , Kafkas hastalarında en yaygın CD’ye duyarlı ^SNP’dir . 3 Bir CD kohort çalışmasına göre, ATG16L1 ^T300A aleli olan sigara içenlerde , diğer gruplarda görülen PC yüzdesine kıyasla önemli ölçüde daha düşük normal PC yüzdesi vardır. 46 Fare modellerinde yürütülen deneyler aynı sonucu gösterdi, 46 ATG16L1 ^T300A arasında sinerjistik bir etki olduğunu ^gösterdi.gen ve sigara. Altta yatan mekanizmayı doğrulamak için bir transkriptomik analiz yapıldı. Elde edilen sonuçlar, proliferatörle aktive olan reseptör-gama (PPARy) yolunun, ATG16L1 ^T300A -sigara ^içen CD hastalarında PC defekti ile sonuçlanan merkezi bir mekanizma olduğunu göstermiştir. 46 PPARy, metabolizmanın düzenlenmesi, farklılaşma ve hücre büyümesi dahil olmak üzere çeşitli işlevler uygular. 47 PPARy yolu genlerinin transkripsiyonu, ATG16L1 ^T300A sigara ^içen farelerde ve CD deneklerinde aşağı regüle edildi , bu da kript hücre ve PC apoptozuna yol açtı. Bu bulgular, PPARy agonisti rosiglitazonun ATG16L1 ^T300A sigara ^içen farelerin apoptozisi üzerindeki kurtarıcı etkisiyle desteklenmiştir . 46 Son olarak, ATG16L1, murin norovirüsü (MNV) ile spesifik olarak etkileşime girebilir. 48 Önceki bir araştırmaya göre, MNV CR6 ile enfekte olmuş hipomorfik (HM) ATG16L1 fareleri morfolojik ve granül paketleme anormallikleri göstermiştir. 48 Bununla birlikte, TNF-α antikoru, IFN-γ antikoru ve antibiyotikler dahil olmak üzere birçok faktör fareleri bağırsak hasarından kurtarabilir, bu da TNF-α, IFN-γ ve kommensal bakterilerin virüse duyarlı gen etkileşiminde rol oynayabileceğini gösterir. 48Git:

4. IRGM, BAĞIRSAK EPİTEL HÜCRELERİNDE ANTİ-İNFLAMASYON VE ANTİMİKROBİK FONKSİYONLARA ARACILIK OLAN TEMEL OTOFAJİ MEKANİZMALARINI YÖNETİR, ÇH RİSKİNİ AZALTIR

PC’lerde iltihaplanma ve otofajiye aracılık eden bir protein olan bağışıklıkla ilişkili guanozin trifosfataz ailesi M’nin (IRGM) CD’de koruyucu bir etki gösterdiği ortaya çıktı (Şekil 2).

İlk olarak, IRGM, NLRP3 inflamatuarını inhibe ederek proinflamatuar sitokinlerin (IL-1β, IL-18 ve TNF/TNF-α) transkripsiyonunu negatif olarak düzenler. 49 İşlevsel bir NLRP3 iltihabı, NLRP3, ASC (bir KART içeren apoptozla ilişkili benek benzeri protein) ve kaspaz-1’den oluşur. NLRP3, CASP1’i aktive etmek için ASC ile kompleksler oluşturur ve bu da IL1β gibi proinflamatuar sitokinlerin öncülerini böler ve aktive eder. 50 IRGM, NLRP3 inflamatuarlarının aktivitesini sınırlamak için iki paralel bağımsız yaklaşım kullanır. 49 İlk olarak, IRGM, polimerizasyonlarını engellemek için NLRP3 ve ASC’nin oligomerizasyon alanlarına doğrudan bağlanabilir, bu da üretken inflamatuarların oluşumunda tehlikeye yol açar. İkincisi, IRGM, NLRP3 ve PYCARD’ın SQSTM1/p62’ye bağlı seçici otofajisine aracılık edebilir, bu da hücrede inflamatuar sayıların azalmasına yol açar. 49

Bağışıklık ile ilişkili guanozin trifosfataz ailesi M, aynı zamanda, çekirdek otofaji makinesini anti-mikrobiyal ve anti-inflamatuar işlevlerle donatmak için organize etmede doğrudan bir rol oynayabilir. 51 İlk olarak, IRGM, otofajiyi destekleyen ULK1 ve Beclin1’i aktive eden fosforilasyon kademesini başlatma yeteneğine sahiptir. Bu işlem sırasında IRGM, ULK1 ve Beclin1 ile kompleks yapar ve AMPK’yi aktive eder, bu da sırasıyla ULK1 ve Beclin1’i aktive eder. Ayrıca, Beclin1, otofajinin başlatıcı kompleksini aktive etmek için diğer moleküllerle etkileşime girebilir. 52 İkincisi, IRGM, NOD2 ve ATG16L1, mikrobiyal ürünlere otofajik tepkileri modüle etmek için moleküler bir kompleks oluşturur. 51 IRGM, kompleksin montajını teşvik etmede büyük önem taşıyan bir adaptör olarak çalışır.

Enflamasyon bozukluğu, IRGM1 nakavt fareler üzerinde yapılan deneylerin sonuçlarına uygun olarak, yukarıda açıklanan yollar yoluyla IRGM tarafından hafifletilebilir. IRGM1 nakavt farelerde 53 PC otofajik eksikliği tespit edildi. Farelerin dekstran sodyum sülfata maruz kalmasından sonra da bağırsak iltihabı meydana geldi. 53

Bununla birlikte, istatistiksel bir araştırmaya göre, IRGM bir İran popülasyonunda CD ile alaka göstermede başarısız olurken, ATG16L1 ve CD arasındaki ilişki doğrulandı, 54 popülasyonlar arasındaki genetik çeşitliliği gösteriyor.Git:

5. WNT SİNYALİZASYON ANORMALLİKLERİ PC DEFENSIN ÜRETİMİNİ ORTADAN KALDIRIR VE CD’Yİ TETİKLER

Wnt sinyali, hücre kaderini ve farklılaşmasını düzenlemede önemli bir rol oynar. 55 Bağırsak hücreleri arasında, Wnt sinyali, PC’lerin konumlandırılmasını, farklılaşmasını ve olgunlaşmasını düzenler. 56 , 57 Wnt sinyal yolu, Wnt ailesi proteinleri hücre yüzeyi reseptörlerine bağlanarak sitoplazmik β-katenin’i stabilize ettiğinde tetiklenebilir. 56 Bunu takiben, stabilize edilmiş β-katenin çekirdeğe yer değiştirerek, T-hücre faktörü/lenfoid güçlendirici-bağlayıcı faktör (Tcf/Lef) ailesinin transkripsiyon faktörleri ile bir kompleks oluşturur ve çeşitli hedef genleri aktive eder. 56 Önceki araştırmalara göre, TCF-1, TCF-4 ve LRP6 dahil olmak üzere Wnt sinyal yolunun elemanları, PC’lerde α-defensin ekspresyonunu düzenler ve bu nedenle CD’ye duyarlı lokuslardır.

Wnt yolundaki aşağı akış transkripsiyon faktörlerinden biri olan TCF-1, PC’lerde HD-5 ve HD-6 ekspresyonunu doğrudan düzenler. 8 Hem HD-5 hem de HD-6 promotörlerinde TCF-1 bağlanma bölgeleri olarak işlev gören üç TCF konsensüs elemanı, aktivasyonlarından sorumludur. 8 , 58 Özellikle, bu TCF bağlanma bölgeleri arasında (-113, -130, -159 HD-5’te ve -130, -141, -159 HD-6’da), −130 konumu aktivasyon sürecinde önemli bir rol oynar . Diğer pozisyonların aksine, -130 mutasyonu HD-5 ifadesini önemli ölçüde azalttı ve TCF-1 tarafından indüklenen HD-6 ifadesini neredeyse tamamen ortadan kaldırdı. 8 Ayrıca, TCF-1’in bir kofaktörü olan β-katenin seviyesi ve aktivitesi de TCF-1 ile indüklenen α-defensin ekspresyonunun sınırlayıcı bir faktörü olabilir. Son olarak, hem yetişkin hem de çocuk CD hastalarında, hem TCF-1 hem de aktif TCF-1 izoformlarının ekspresyonu önemli ölçüde azaldı, 8 , 59 , CD patolojisindeki rolünü doğruladı.

Benzer şekilde, TCF-4’ün azalmış ekspresyonu ve azalmış bağlanma aktivitesi, α-defensini, NOD2, IL-8 ve inflamasyondan bağımsız olarak ileal CD hastalarının PC’lerinde ekspresyonu azaltmakla bağlantılıdır. 9 Bildirildiği gibi TCF-1’e benzer şekilde, TCF-4’ün HD5 promotör bölgesinde beş potansiyel bağlanma yeri ve HD6 promotör bölgesinde 11 potansiyel bağlama yeri vardır, bu da TCF-4’ün transkripsiyonlarını doğrudan düzenlemesine izin verir. 56 , 60 Sonuç olarak, TCF-4’teki mutasyonlar, α-defensinlerin farklılaştırılmış PC salgılanması nedeniyle ÇH için risk faktörleri olabilir. Oxford, Leuven ve Viyana’dan üç IBD kohortunda yapılan yüksek verimli bir analize göre, 61 , 62 , 63 TCF-4 SNP ile ileal CD arasında bir ilişki rapor edilmiştir. TCF-4’ün varsayılan promotör bölgesindeki duyarlı bir SNP, rs3814570, TCF-4 ve ileal CD fenotiplerinin azalmış ekspresyonu ile ilişkilidir. 64 rs3814570 alleli olan hastalar, ileal CD’yi daraltma ve üst GIT tutulumu (L4 fenotipi) açısından daha yüksek risk gösterdi. 64

Ayrıca, düşük yoğunluklu lipoprotein reseptörü ile ilişkili protein 6 (LPR6) eş anlamlı olmayan SNP (rs2302685; Ile1062Val), PC’lerde azalmış HD-5 ekspresyonu ve ileal CD’nin erken başlangıcı ile ilişkilidir. 65 LPR6, Wnt’nin bir ko-reseptörüdür ve β-katenin’in sitoplazmik stabilizasyonu için esastır. 66 LPR6’nın işlevsel bozukluğu, Wnt akış aşağı transkripsiyon faktörleri TCF-1 ve TCF-4’ün etkisini azaltabilir ve bu da daha düşük bir HD-5 ekspresyon seviyesi ile sonuçlanabilir.Git:

6. LRRK2 EKSİKLİĞİ, PC’LERDE OTOFAJİYİ DEREGÜLE EDİYOR

Lösin bakımından zengin tekrar kinaz 2 (LRRK2), PD’ye duyarlı bir lokus olarak bilinir. Bununla birlikte, LRRK2 tek nükleotid polimorfizmleri de CD için risk lokusları olarak önerilmiştir. 67 Önceki bir araştırmaya göre, rs17467164, rs11564258 ve rs3761863’ün CD fenotipi ile ilişkili olduğu ortaya çıkarılmıştır. 67 LRRK2 eksikliğinin ÇH’yi nasıl etkilediğinin arkasındaki mekanizma hala bilinmemekle birlikte, 68 Pek çok kanıt, LRRK2’nin PC’lerde otofajiye aracılık etmede rol oynadığı gerçeğini desteklemektedir. İlk olarak, LRRK2, PD ve CD için paylaşılan bir duyarlı lokustur. LRRK2 eksikliği, PD’de otofajinin kuralsızlaştırılmasına neden olabilir, bu da altta yatan mekanizmanın CD’de aynı olabileceğini gösterir. İkincisi, bir in vivo deneye göre, LRRK2 eksikliği olan fareler, PC’lerde lizozim ekspresyonunda spesifik bir bozulma gösterdi. 28 Son olarak, bir Japon CD kohortunda, hipoteze dayalı korelasyon analizi, LRRK2 M2397T SNP (rs3761863) ile PC kusurları arasında önemli bir ilişki olduğunu gösterdi. 6 Ayrıca, T (risk) aleli LRRK2 M2397T’nin sayıları ile normal PC’lerin yüzdesi arasında korelasyon bulundu ( R ²  = 0.247; P = 3.62 × 10 ^-4 ). 6Git:

7. HDAC’ler, PC’NİN İÇSEL FENOTİPİNİ DÜZENLER VE CD’DEKİ PC FONKSİYON KAYBI İLE İLGİLİDİR

Histon deasetilaz (HDAC), transkripsiyonu, DNA replikasyonunu ve onarımını düzenleyen bir enzimdir. HDAC’nin toplamda 10’dan fazla alt tipi vardır ve bunların arasında HDAC1, HDAC2 ve HDAC3’ün PC’ler ve CD ile ilişkili olduğu rapor edilmiştir.

HDAC1 ve HDAC2, farklı düzenleyici yollardan hareket etse de, HDAC1 ve HDAC2, içsel PC fenotipini düzenlemek için birbirini tamamlayabilir. 10 HDAC1’in farelerde silinmesi, embriyonik ölümcüllüğe yol açarken 69 , farelerde HDAC2 eksikliği, kalp kusurlarından kaynaklanan perinatal ölümle sonuçlanır. 70 Ek olarak, bağırsakta, IEC’ye özgü HDAC1 ve HDAC2 villin-Cre’nin neden olduğu silme, PC kaybına, Notch, Stat3 ve mTOR yollarının aktivasyonuna ve ayrıca DSS’nin neden olduğu kolite duyarlılığın artmasına neden olur. 71 , 72 Bununla birlikte, in vivo, daha önce IEC’ye özgü HDAC1 veya HDAC2 eksikliği olan farelerin bağırsak mimari kusurları göstermediği gözlemlenmiştir, 10 HDAC1 ve HDAC2’nin oynadığı tamamlayıcı rolü gösterir. Ek olarak, HDAC1 ve HDAC2 eksikliği fareleri, PC farklılaşması değişiklikleri, jejunumdaki salgı PC’lerinin azalması ve bağırsak kronik iltihabı dahil olmak üzere çeşitli semptomlar sergiledi. 71 Başka bir araştırmaya göre, HDAC1 veya HDAC2 silindiğinde, hem goblet hem de PC etiketlerini gösteren ara hücrelerin (hem goblet hücrelerinin hem de PC’lerin öncüsü) sayısında önemli bir artış gözlendi ve HDAC1 ve HDAC2’nin farklılaşmayı etkileyebileceğini ortaya koydu. PC’lerin. 10 İlgili mekanizmalardan bazıları belirsiz olsa da, çeşitli yollar süreci etkileyebilir. Örneğin, HDAC1 ve HDAC2 Notch, STAT1, STAT 3, mTOR ve NF-κB yollarını düzenleyebilir. 10 , 73 , 74 Tüm bu yollar hücresel aktivitelerde önemli roller oynar.

HDAC1 ve HDAC2’ye ek olarak, HDAC3’ün PC işlev kaybı ve CD ile de ilişkili olduğu bulundu. Açıklandığı gibi, HDAC3, normal konak-kommensal ilişkiler kurmak ve bağırsak homeostazını sürdürmek için gereken epitel hücre yanıtlarını kalibre etmek için ortak bakteri kaynaklı sinyalleri entegre eden kritik bir faktördür. 11 Bu çalışmada, HDAC3 ^ΔIEC farelerinin PC’lerinde sayılarda önemli bir azalma, lizozim ekspresyonunda azalma, dejenere organel zarlarının varlığı ve granül kaybı gözlemlendi . 11 PC’lerin olmamasıyla uyumlu olarak, HDAC3 ^ΔIEC fareleri ayrıca bozulmuş kript bakterisidal aktivite ve oral Listeria monocytogenes enfeksiyonuna karşı artan duyarlılık sergilemiştir . 11 Ayrıca, mikropsuz koşulun aksine, geleneksel olarak barındırılan durumda, HDAC3FF veya HDAC3 ^ΔIEC mikrobiyotası ile kolonize edilmiş WT fareleri , DSS kaynaklı bağırsak iltihabına duyarlılıkta önemli farklılıklar gösterir, bu da HDAC3 ekspresyonunun sinyalleri entegre etmek için gerekli olduğunu gösterir. kommensal bakterilerden elde edilir. 11Git:

8. CASP-8, BAĞIRSAK İLTİHAPLARINDA PANETH HÜCRELERİNİN ÖLÜMÜNÜ SINIRLAMAKTADIR

Casp-8, apoptozu düzenlemedeki kritik rolü ile bilinen bir sistein proteazıdır. Ek olarak, Casp8’in çoğalma, göç ve farklılaşma dahil olmak üzere çeşitli işlevleri açıklanmıştır. 75 , 76 Bağırsakta, Casp8 aracılı apoptoz, IEC yenilenmesi ve bağırsak morfolojisinin şekillendirilmesi için önemlidir. 77 Ayrıca bu işlemlerde PC’ler Casp8 tarafından kritik bir şekilde engellenmektedir (Şekil 3).Figür 3

Casp8, PC nekroptozunun önlenmesinde merkezi bir rol oynar. Casp8, RIPK1 ve RIPK3’ü baskılayarak TNF-α kaynaklı nekroptozu inhibe eder ve Notch aşırı aktivasyonunu önleyerek Wnt sinyalini geliştirir. Ek olarak, IFN-STAT1 sinyali, MLKL ve Casp8’i aktive ederek enterik hücre kaybını tetikleyebilir.

İlk olarak, Casp8, RIPK1 ve RIPK3’ü baskılayarak TNF-α’nın neden olduğu nekroptozu inhibe ederek PC’lerin ve terminal ileitin nekroptozunun önlenmesinde kritik bir rol oynar. 12 Casp8 ^ΔIEC farelerinin ağır Paneth ve goblet hücre kaybına uğradığı belirtilmektedir . Ek olarak, DSS’ye maruz kaldığında, Casp8 ^ΔIEC fareleri, kontrol farelerine kıyasla yüksek öldürücülük gösterdi ve önemli ölçüde daha fazla kilo verdi. 12 Casp8’in PC kaybını nasıl önlediğinin ardındaki mekanizmalar, TRADD ve RIPK3’ü aktive ederek hücresel nekroptozu indükleyen TNF-α yolunun inhibisyonu ile açıklanabilir. TNF-a yukarı regüle edildikten sonra, TRADD, TNF-a (TNFR1) reseptörü tarafından aktive edilir. 78 Daha sonra, bir nekroptoz indükleyen protein kompleksi oluşturmak için RIP1’e alınan reseptör etkileşimli protein kinaz 3 (RIPK3) TRADD tarafından aktive edilebilir. 78 Son olarak, Casp8 tarafından RIPK1 ve RIPK3 inhibe edilerek nekroptoz durdurulabilir. TNF-α ile uyarılan ölüm reseptörü sinyallemesinin, özellikle kaspaz inhibitörleri kullanılarak apoptoz bloke edildiğinde, bir dizi farklı hedef hücre tipinde nekrozu teşvik ettiği tarif edilmiştir. 79 , 80 Önceki bazı çalışmalara göre, Casp8 ^ΔIEC farelerine normal fareler için öldürücü olmayan bir TNF-α dozu uygulandığında, yüksek öldürücülük ve ölmekte olan ince bağırsak epitel hücrelerinin (PC’ler dahil) sayısında artış gözlendi, 12 TNF-α’nın PC ölümünü de destekleyebileceğini gösterir.

İkincisi, Casp8 eksikliğinden kaynaklanan PC ölümü, Notch aktivasyonu ile güçlü bir şekilde ilişkilidir. 81 Notch sinyal yolu, enterositik proliferasyon, farklılaşma ve apoptotik ölüme katılarak bağırsak homeostazını artıran bir hücre-hücre iletişim sürecidir. 82 Şu anda, Notch sinyali, karşılıklı olarak bağırsak homeostazını korurken Wnt/β-katenin sinyalleşmesine karşı antagonistik bir yol olarak görülüyor. 83 Yukarıda bahsedildiği gibi, PC’lerin farklılaşması Wnt yolu ile desteklenebilir. Son zamanlarda, Notch’in casp8 ^∆int hayvanlarında salgı hücre farklılaşmasını ve azalan PC sayısını inhibe etmedeki rolü açıklığa kavuşturulmuştur. 81 Bir casp8 ^{∆int içinde}fare modelinde, PC kaybının yanı sıra güçlü Notch sinyal aktivasyonu bulundu. Bununla birlikte, Notch, vücut ağırlığının kg’ı başına 20 μM dibenzazepin (DBZ) dozunun enjeksiyonu ile inhibe edildiğinde, PC’lerin farklılaşmasını gösteren, salgı hücrelerinde çarpıcı bir genişleme gözlendi. 81 Ek olarak, diğer proteinler de PC’lerde Notch sinyallemesinde rol oynar. Başka bir çalışmaya dayalı olarak, bir triptofan metabolize edici enzim olan indoleamin 2, 3-dioksijenaz 1 (IDO1), Notch 1 yolu aktivasyonunu inhibe ederek PC farklılaşmasını destekler. 84 Ayrıca, otofajiyi düzenleyen bazı proteinler (örn. ATG16L1), bozulmasını teşvik ederek Çentik’i de engelleyebilir.

Üçüncüsü, kanonik olmayan başka bir PC nekroz yolu olan IFN-STAT1 sinyalinin Casp8 eksikliği CD’si ile ilişkili olduğu kanıtlanmıştır. 85 IFN lambda (IFNL), bağışıklık hücreleri tarafından salgılanan diğer IFN’ler tarafından yukarı regüle edilebilen çok işlevli bir interferondur. 86 Hem tip 1 hem de tip 2 PC’lerde IFNL mRNA ifadesi yükselmiştir. 85 Yakın zamanda yayınlanan bir araştırmaya göre, IFNL ve STAT1’in (IFNL hedefi) ekspresyon seviyelerinin CD şiddeti ve nekrotik PC ölümü ile iyi korele olduğu gözlemlendi. 85 Şaşırtıcı bir şekilde, Karışık Soy Kinaz Alanı Benzerinin (MLKL) PC programlı nekrozda oynadığı Stat1’e bağlı bir rol keşfedildi. 85 RIPK3 tarafından fosforile edildikten sonra, 87 MLKL, plazma zarına yer değiştirebilir ve PC’lerde nekroza neden olabilecek yıkımına aracılık edebilir. 88 Casp8 ^ΔIEC farelerinde MLKL, PC ölümünü yönlendiren Casp8 için bir tamamlayıcı görevi görür. 85 Bununla birlikte, MLKL tarafından indüklenen PC’lerin aşırı nekrozu, bağırsak iltihabının ana nedeni olabilir. Böylece, Casp8’in bağırsak homeostazını korumada ve PC ölümünü düzenlemede oynadığı kritik rol tanımlanmıştır. 89Git:

9. PC GELİŞTİRME İÇİN XBP1 GEREKLİDİR

Bir transkripsiyon faktörü olan X-box bağlayıcı protein-1 (XBP1), IRE1 tarafından işlenen bir UPR indükleyicisidir. 90 IRE1 tarafından yönlendirilen XBP1’in 26-bp’lik bir mRNA fragmanının kesilmesinden sonra, XBP1’ler geleneksel olmayan bir şekilde üretilir. 90 UPR gen ekspresyonunun bir alt kümesi, XBP1’ler tarafından indüklenebilir. 90 XBP1 Aktivasyonu, PC’ler gibi salgı hücrelerinin 92 geliştirilmesi için çok önemli olan 91 , ER genişlemesi için gereklidir . Bir IEC XBP1 ^−/− fare modeli, hem PC kaybının hem de spontan IBD’lerin (CD dahil) XBP1 eksikliği tarafından tetiklenebileceğini göstermiştir. XBP1, apoptozu önleyerek ve hücre yenilenmesine aracılık ederek PC seviyesini düzenler, 7 Bozulması doğrudan mukozal savunmanın bozulmasına yol açar. PC apoptozuna katkıda bulunabilecek IEC’lerde iltihaplanma, tipik IEC enflamatuar sinyallerinin hem enfeksiyonu hem de yukarı regülasyonu tarafından tetiklenir. 7 Spesifik olmak gerekirse, ince bağırsak epitelindeki XBP1 eksikliği, IEC’lerde proinflamatuar JNK/SAPK sinyalini arttırır. 7 , 93

XBP1 gen bölgesindeki birçok SNP, CD ile ilişkilidir. 5322 kontrol, 2762 CD ve 1627 UC hastası, 7 , 94’ü içeren çeşitli kohortlardan elde edilen verileri analiz ettikten sonra , toplam 19 SNP’nin hem CD hem de UC ile önemli ölçüde ilişkili olduğu bulundu. Bunlar arasında, altı SNP (rs5997391, rs5752792, rs6005863, rs5762795, rs2267131 ve rs35873774) önemli ölçüde daha güçlü alaka gösterdi. 7Git:

10. CD’DEKİ PC’LERİ HEDEFLENEN TERAPÖTİK MEKANİZMA

IBD’nin patogenezinde PC’lerin derin katılımı açıkça kanıtlanmış olmasına rağmen, hücreye özgü tedaviler tam olarak oluşturulmamıştır. 95 Bununla birlikte, PC’lerdeki patojenik yollar, hem spesifik hem de spesifik olmayan birçok tedavi rejimi tarafından hala hedeflenebilir.

Başlangıç ​​olarak, PC fenotipleri, prognozu ve CD alt tiplerini belirleyerek potansiyel CD göstergesidir. 96 PC, lizozim-pozitif salgı granül morfolojisine göre normal, düzensiz, azalmış, yaygın veya dışlanmış granül olmak üzere beş kategoriye ayrılabilir. 96 Bu fenotiplerin, NOD2 ve ATG16L1 T300A CD’ye duyarlı varyantlar arasında güçlü bir korelasyona sahip olduğu kanıtlanmıştır. 96 PC fenotiplerini bir CD göstergesi yapmanın bir başka nedeni de kararlılıktır. 97 PC fenotipi, ilgili ve dahil olmayan alanlarda tutarlıdır. Ayrıca, PC fenotipi, CD süresince stabildir. 97 Ek olarak, biyopsi materyali PC fenotip analizi kriterlerini kararlı bir şekilde karşılayabilir. 97 Tüm bu avantajlar, PC’yi potansiyel olarak kararlı, pratik ve oldukça spesifik bir CD göstergesi yapar.

NOD2’nin CD ile en güçlü korelasyona sahip olduğu kabul edildiğinden, NOD2’ye dayalı tedaviler iyi gelişmiştir. 98 Başlangıç ​​olarak, NOD2 kusurları tarafından tetiklenen AMP eksikliğini kommensal bakterilere zarar vermeden telafi etmek için defensin benzeri ilaçlar kullanılabilir. 99 , 100 , 101 Ek olarak, fekal mikrobiyota transplantasyonu, mikrobiyal bileşim dengesizliklerini düzeltmek ve NOD2’nin mikrobiyota üzerindeki etkisini en aza indirmek için kullanılabilir. 98 , 102 MDP türevleri gibi bakteriyel bileşenler , NOD2 uyarıcı kapasitesini stabilize etmek için kullanılabilir. 103 , 104 Ayrıca, NOD2 sinyalinin yanı sıra diğer birçok pozitif ve negatif düzenleyici, NOD2’nin etkisini düzenlemek için hedeflenebilir. 98 Örneğin, aşırı inflamatuar yanıtı bloke etmek için RIP2 kinaz inhibitörleri erlotinib ve gefitinib kullanılabilir. 105

ATG16L1, başka bir potansiyel terapötik hedef olabilir. ATG16L1 ^T300A genotipine sahip hastalar için , PPARy sinyali, PC apoptozunun ve kusurlarının düzenlenmesinde rol oynar. Bu nedenle, PPARy bu hastalar için potansiyel bir hedeftir. 106 Ayrıca, ATG16L1 SNP rs10210302’yi barındıran CD hastalarında anti-TNF-α ilacı etkili olabilir. 570 IBD hastasının alındığı ve analiz edildiği bir anti-TNF-α tedavileri çalışmasında, ATG16L1 rs10210302 olan hastalar, adalimumab (bir anti-TNF-α ilacı) kullanmaya özellikle daha yatkındı. 107 Yukarıda bahsedildiği gibi, önemli bir neden ATG16L1 polimorfizminin TNF-α aracılı PC nekroptozunu önleyememesidir.

Wnt ayrıca tedavi için potansiyel bir hedef olabilir. Normal olarak, periferik kan mononükleer hücreleri (PBMC’ler), PC’lerde Wnt yolunu başlatan Wnt ligandlarını gizler. 108 Yukarıda bahsedildiği gibi, Wnt yolu, PC’lerin farklılaşmasını destekler ve α-defensin ekspresyonunu düzenler. Bununla birlikte, CD hastalarında, PBMC’ler, HD5/HD6 ekspresyonunu yukarı regüle etmek için yeterli Wnt ligandını (Wnt1, Wnt3 ve Wnt3a) salgılayamadı. 108 Sonuç olarak, Wnt yolunun uyarılması alternatif bir ÇH tedavisi olabilir.

IFNL-Stat1 sinyali ayrıca CD tedavisi için bir hedef olabilir. Deksametazon ve prednizolon gibi glukokortikoidler, yalnızca bağırsaktaki iltihabı hafifletmekle kalmaz, aynı zamanda PC ölümüne aracılık eden IFNL’yi de bastırır. 85 Ayrıca, tofasitinib bu yolun daha güçlü bir inhibitörüdür. STAT1, JAK ailesinin yukarı akışı, tofasitinib tarafından seçici olmayan bir şekilde inhibe edilebilir. Buna göre, Casp8 ^ΔIEC farelerine günde bir doz ^tofasitinib uygulandığında, PC ölümü tamamen engellenebilir. 85 Benzer şekilde, JAK1’i spesifik olarak inhibe eden başka bir JAK inhibitörü olan Filgotinib de IFN-STAT1 yolunu güçlü bir şekilde etkiler. Ayrıca organoidlerde Filgotinib ön tedavisi ile PC ölümünü yönlendiren MLKL gen ekspresyonunun bloke edildiği bulundu. 85

Enflamatuar yolları hedeflemek başka bir tedavi yolu olabilir. Yukarıda bahsedildiği gibi, IRGM, NLRP3 inflamasyonunu inhibe ederek CD’yi önler. Bu nedenle, IRGM eksikliği olan IBD hastalarına NLRP3 inhibitörlerinin uygulanması, hastalık şiddetini ve semptomlarını azaltmak için yararlı bir yaklaşım olacaktır. 49 CD’de, otofaji bozukluğu, bağırsak kök hücrelerinin (ISC’ler) kusurlu PC’lere geçişini sağlayan dejenere mitokondri ile sonuçlanır. Bağırsak kök hücre farklılaşmasını güçlendirmek, bağırsak epitel fonksiyonunu iyileştirebilir. Bir araştırmaya göre, glikolizin engellenmesi, CD’deki PC işlev bozukluğunu antagonize edebilir. 109 ATP oluşumunu glikolizden oksidatif fosforilasyona kaydırmak için organoid kültür ortamına dikloroasetat eklendi, bu da mitokondriyal solunumu iyileştirdi ve bağırsak kök hücre fonksiyon bozukluğunu düzeltti. 109 Ayrıca, Wnt3a ile zenginleştirilmiş ortam ayrıca bağırsak kök hücre farklılaşmasını güçlendirebilir ve organoid morfolojiyi kısmen kurtarabilir. 110 İlginç bir şekilde, bir Wnt ligandı olarak Wnt3a, defensin ekspresyonunu da destekler. Bu nedenle, Wnt3a üzerinde daha fazla araştırma yapılmalıdır.

Sonuç olarak, potansiyel tedaviler dört tipte sınıflandırılabilir. İlk olarak, defensin benzeri ilaçlar veya antibiyotikler alarak Paneth hücre fonksiyonlarını basitçe telafi edebiliriz. 111 İkincisi, çevresel faktörler sigarayı bırakma, değişen yaşam tarzı ve mikrobiyota nakli ile değiştirilebilir. Üçüncüsü, patojenik yollar, Paneth hücrelerinin kusurlarını veya ölümünü önlemek için molekül hedefli ilaçlar tarafından hedeflenebilir. Son olarak, ISC farklılaşmasını ve bağırsak transplantasyonunu teşvik ederek Paneth hücrelerini yenileyebiliriz.Git:

11. TARTIŞMA

Paneth hücreleri ile Crohn hastalığı arasındaki ilişki geniş çapta bildirilmiştir (Tablo 1). Son zamanlarda, risk faktörlerini ve biyolojik davranışları tartışmak için Paneth hücrelerinin ileal Crohn hastalığındaki rolleri ortaya çıkmıştır. Bu derlemede ileal Crohn hastalığı için Paneth hücrelerini etkileyen yaşam tarzı risk faktörleri, AMP’ler, yerel mikrobiyom güncellenmiştir. 112 Bu nedenle, CD’nin PC’lerin karmaşık bir hastalığı olduğuna inanılıyordu. CD ve PC’ler arasındaki çeşitli bağlantılar önceki bir incelemede rapor edilmiştir. 113 Bununla birlikte, CD üzerinde hareket eden Paneth hücresinin rollerinde yer alan spesifik yol ve anahtar düğümler için bağlantılar ve karışma bugüne kadar hala eksiktir. Bu nedenle, bu derlemede sunulan sinyalizasyon sistemlerini içeren net bir liste gereklidir. Önceki incelemede bahsedildiği gibi, belirli PC antibiyotik peptitleri ÇH’yi önlemede rol oynar. En yaygın PC defensinlerinden biri olan HD-5, Gram negatif bakterilerin yanı sıra S. aureus’a karşı da etkili öldürme kapasitesine sahipken, diğeri, HD-6, in vitro olarak çok az antibakteriyel potansiyel sergilemiştir. 114 Ek olarak, PC’ler ayrıca sitoplazmik granüllerde diğer bazı doğal antibiyotik peptitlerini (örneğin lizozim, RegIIIγ ve PLA2G2A) depolar. 115 , 116 İleal CD, düşük Wnt Tcf-4, 9 ile karakterizedir hangi PC farklılaşmasını indükleyebilir. Önceki bir araştırmaya göre, β-katenin (Wnt Yolunda bir sinyal kaskadlarının bağımlı olduğu bir protein) mRNA seviyelerinde hafif bir azalma, PC gelişimini ciddi şekilde bozmuştur. 117 Ayrıca, CD, NOD2 gen mutasyonu ile güçlü bir şekilde ilişkilidir (CD hastalarının yaklaşık üçte biri mutasyona sahiptir 118 ). CD’deki NOD2’nin monositlerde 119 immünolojik düzensizlik ve yetersiz PC antibakteriyel yanıtı (düşük defensin üretimi) ile bağlantılı olduğu öne sürülmüştür . 113 Son olarak, CD ile ilişkili birkaç başka gen de rapor edilmiştir. Ayrıntılı olarak, bunlar arasında PC otofajisini düzenleyen ATG16L1, ER stresi sırasında ifade edilen XBP1, TLR9 (PC’lerde NOD2 reseptörü) ve KCNN4 (bir potasyum kanalı) bulunur. 113

tablo 1

CD’ye duyarlı genler ve Paneth hücreleri için rolleri

duyarlı genler	Paneth hücrelerindeki işlevler	arabulucular	Referans
NOD2	α-defensinleri düzenler; AMP sıralamaya katılın	NF-KB, FGFR-3, MAPK; LRRK2, RIP2, RAB2a	20 , 21
ATG16L1	Ekzositozu teşvik edin; nekroptozun önlenmesi; Çevresel faktörlerle etkileşim	LC3, ATG5, ATG12; TNF-a,RIPK1; JNK, PPARy	5 , 34 , 39 , 46 , 48
IRGM	İltihap önleyici; Çekirdek otofaji makinelerini düzenleyin	NLRP3, ASC, Kaspaz-1, IL-1p, SQSTM1/p62; ULK1, Beclin 1, AMPK, NOD2, ATG16L1	49 , 51
Wnt	Hücre konumlandırmasını, farklılaşmasını ve olgunlaşmasını düzenler; α-defensin ifadesini düzenler	β-katenin, Tcf/Lef ailesi; TCF-1, TCF-4, LRP6	8 , 9 , 56
LRRK2	arabuluculuk otofaji	Bilinmeyen	28
HDAC’ler	farklılaşma; Kommensal bakteri kaynaklı sinyalleri entegre edin	Bilinmeyen	10 , 11
Casp8	Hücre ölümünü önleyin	TNF-α, TRADD, RIPK3, RIPK1, Çentik, IFNL, STAT1	12 , 81 , 85
XBP1	ER genişletme	IRE1, HAC1	91

On yıllık bir araştırmadan sonra, belirli yolların arkasındaki derin mekanizmalar çok daha iyi anlaşıldı ve yeni duyarlı genler keşfedildi. Her şeyden önce, CD ile en güçlü korelasyona sahip olduğu düşünülen bir protein olan NOD2’nin çeşitli bağışıklık fonksiyonlarına aracılık ettiği keşfedildi. PC’lerde NOD2, bakteri uyaranlarına yanıt vererek, AMP’lerin sıralanmasını yönlendirerek, NF-κB Yolunu aktive ederek ve ATG16L1 ile etkileşime girerek α-defensin ekspresyonunu kontrol eder. 14 , 22 , 24 , 120 Diğer bağışıklık hücrelerinde, doğuştan gelen bağışıklıkta otofaji için NOD2 gereklidir. 98 Sonuç olarak, NOD2 klinik uygulamada önemli bir faktördür. NOD2 eksikliğine dayalı çeşitli hedefler ve tedaviler keşfedildi ve bunlar daha önce de belirtildi. NOD2 ayrıca ilgili tedavi rejimi ve prognoz için göz ardı edilemez bir göstergedir. 98 NOD2 varyantı, perianal fistülize ÇH’de postoperatif komplikasyonlar 121 ve antibiyotik tedavisinin başarısızlığı için bir risk faktörü olarak tanımlandı . 122 Ayrıca, NOD2 varyantları ayrıca anti-TNF tedavilerine 123 ve normal dozun biyolojik tedavisine yanıt kaybıyla da ilişkilidir . 124

İkincisi, oldukça spesifik bir otofaji geni olan ATG16L1’in PC’lerle yakın bir ilişkisi olduğu bulundu. 2 ATG16L1 aracılı otofaji, PC’lerde birkaç proteinin bozulmasıyla ilgilidir. 5 Böylece, ATG16L1 varyantları PC homeostazını önemli ölçüde bozabilir. 32 En önemli ATG16L1 polimorfizmi ATG16L1 ^T300A (rs2241880, Thr300Ala), kusurlu fonksiyonu nedeniyle CD patogenezinde önemli bir rol oynamaktadır. 30 Ayrıca, ATG16L1 ^T300A , casp3 aracılı işleme yoluyla bozulmasını hızlandırır, 125 ATG16L1 eksikliği ile sonuçlanır. Bununla birlikte, PC’lerde ve CD’de ATG16L1’in altında yatan mekanizmalar bir dereceye kadar anlaşılmış olsa da, buna dayalı tedaviler hala tam olarak kurulmamıştır.

Ek olarak, diğer duyarlı genler ve patojenik yollar da daha büyük ölçüde karakterize edilmiştir. Örneğin, Wnt sinyallemesinde, TCF-1’lerin α-defensin transkripsiyonundaki işlevi, TCF-4’ün ardından keşfedilmiştir. 8 Bir PC nekroz yolu olan IFN-Stat1 sinyalinin Casp8 eksikliğinin neden olduğu CD ile ilişkili olduğu kanıtlanmıştır. 85 Otofajiye bağlı CD’ye duyarlı başka bir gen olan IRGM’nin, bir fare modelinde NLRP3 İnflamasomunu inhibe ettiği ve piroptoz ve bağırsak iltihabı üzerinde koruyucu bir etki uyguladığı bulundu. 49

Bu derlemede, bilimsel araştırma ve klinik uygulamada büyük önemi olan PC’ler ve CD patogenezi arasındaki ilişki hakkındaki yeni bulguları özetliyoruz. Duyarlı genler, ÇH fenotipleri ve ilgili tedavi modaliteleri hakkındaki bilgilerin ÇH hastalarının prognozunu iyileştirmek için entegre edilebileceği umulmaktadır.Git:

ÇIKAR ÇATIŞMASI

Hiçbiri.Git:

YAZAR KATKILARI

EY makaleyi ve verileri topladı, sonuç analizi yaptı ve makalenin taslağını hazırladı; JS, bu makalenin fikrini sundu, finansmanı destekledi, sonuç analizi yaptı ve makaleyi tasarladı ve revize etti.Git:

notlar

Yang E, Shen J. Paneth hücrelerinin Crohn hastalığındaki rolleri ve işlevleri: Eleştirel bir inceleme . Hücre Prolif . 2021; 54 :e12958 10.1111/cpr.12958 [ PMC ücretsiz makale ] [ PubMed ] [ CrossRef ] [ Google Akademik ]

Finansman bilgileri

Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (No. 81770545); Klinik Araştırma İnovasyon Vakfı MDT Projesi, Renji Hastanesi, Tıp Fakültesi, Şanghay Jiaotong Üniversitesi (PYI-17-003).Git:

VERİ KULLANILABİLİRLİK BEYANI

Mevcut çalışma sırasında hiçbir veri seti oluşturulmadığı veya analiz edilmediği için veri paylaşımı bu inceleme için geçerli değildir.Git:

REFERANSLAR

1. Torres J, Mehandru S, Colombel JF, Peyrin‐Biroulet L. Crohn’s disease. Lancet. 2017;389(10080):1741‐1755. 10.1016/S0140-6736(16)31711-1 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Iida T, Onodera K, Nakase H. Role of autophagy in the pathogenesis of inflammatory bowel disease. World J Gastroenterol. 2017;23(11):1944‐1953. 10.3748/wjg.v23.i11.1944 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]3. Jostins L, Ripke S, Weersma RK, et al. Host‐microbe interactions have shaped the genetic architecture of inflammatory bowel disease. Nature. 2012;491(7422):119‐124. 10.1038/nature11582 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]4. Yano T, Kurata S. Intracellular recognition of pathogens and autophagy as an innate immune host defence. J Biochem. 2011;150(2):143‐149. 10.1093/jb/mvr083 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]5. Matsuzawa‐Ishimoto Y, Shono Y, Gomez LE, et al. Autophagy protein ATG16L1 prevents necroptosis in the intestinal epithelium. J Exp Med. 2017;214(12):3687‐3705. 10.1084/jem.20170558 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]6. Liu TC, Naito T, Liu Z, et al. LRRK2 but not ATG16L1 is associated with Paneth cell defect in Japanese Crohn’s disease patients. JCI Insight. 2017; 2(6):e91917 10.1172/jci.insight.91917 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]7. Kaser A, Lee AH, Franke A, et al. XBP1 links ER stress to intestinal inflammation and confers genetic risk for human inflammatory bowel disease. Cell. 2008;134(5):743‐756. 10.1016/j.cell.2008.07.021 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]8. Beisner J, Teltschik Z, Ostaff MJ, et al. TCF‐1‐mediated Wnt signaling regulates Paneth cell innate immune defense effectors HD‐5 and ‐6: implications for Crohn’s disease. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2014;307(5):G487‐G498. 10.1152/ajpgi.00347.2013 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]9. Wehkamp J, Wang G, Kubler I, et al. The Paneth cell alpha‐defensin deficiency of ileal Crohn’s disease is linked to Wnt/Tcf‐4. J Immunol. 2007;179(5):3109‐3118. 10.4049/jimmunol.179.5.3109 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]10. Gonneaud A, Turgeon N, Jones C, et al. HDAC1 and HDAC2 independently regulate common and specific intrinsic responses in murine enteroids. Sci Rep. 2019;9(1):5363 10.1038/s41598-019-41842-6 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]11. Alenghat T, Osborne LC, Saenz SA, et al. Histone deacetylase 3 coordinates commensal‐bacteria‐dependent intestinal homeostasis. Nature. 2013;504(7478):153‐157. 10.1038/nature12687 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]12. Gunther C, Martini E, Wittkopf N, et al. Caspase‐8 regulates TNF‐alpha‐induced epithelial necroptosis and terminal ileitis. Nature. 2011;477(7364):335‐339. 10.1038/nature10400 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]13. Mo J, Boyle JP, Howard CB, Monie TP, Davis BK, Duncan JA. Pathogen sensing by nucleotide‐binding oligomerization domain‐containing protein 2 (NOD2) is mediated by direct binding to muramyl dipeptide and ATP. J Biol Chem. 2012;287(27):23057‐23067. 10.1074/jbc.M112.344283 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]14. Sidiq T, Yoshihama S, Downs I, Kobayashi KS. Nod2: A critical regulator of ileal microbiota and Crohn’s disease. Front Immunol. 2016;7:367 10.3389/fimmu.2016.00367 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]15. Ogura Y, Bonen DK, Inohara N, et al. A frameshift mutation in NOD2 associated with susceptibility to Crohn’s disease. Nature. 2001;411(6837):603‐606. 10.1038/35079114 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]16. Hugot JP, Chamaillard M, Zouali H, et al. Association of NOD2 leucine‐rich repeat variants with susceptibility to Crohn’s disease. Nature. 2001;411(6837):599‐603. 10.1038/35079107 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]17. Economou M, Trikalinos TA, Loizou KT, Tsianos EV, Ioannidis JP. Differential effects of NOD2 variants on Crohn’s disease risk and phenotype in diverse populations: a metaanalysis. Am J Gastroenterol. 2004;99(12):2393‐2404. 10.1111/j.1572-0241.2004.40304.x [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]18. Ogura Y, Lala S, Xin W, et al. Expression of NOD2 in Paneth cells: a possible link to Crohn’s ileitis. Gut. 2003;52(11):1591‐1597. 10.1136/gut.52.11.1591 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]19. Lala S, Ogura Y, Osborne C, et al. Crohn’s disease and the NOD2 gene: a role for paneth cells. Gastroenterology. 2003;125(1):47‐57. 10.1016/s0016-5085(03)00661-9 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]20. Wang H, Zhang X, Zuo Z, et al. Rip2 is required for Nod2‐mediated lysozyme sorting in Paneth cells. J Immunol. 2017;198(9):3729‐3736. 10.4049/jimmunol.1601583 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]21. Tan G, Zeng B, Zhi FC. Regulation of human enteric alpha‐defensins by NOD2 in the Paneth cell lineage. Eur J Cell Biol. 2015;94(1):60‐66. 10.1016/j.ejcb.2014.10.007 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]22. Tan G, Li RH, Li C, et al. Down‐regulation of human enteric antimicrobial peptides by NOD2 during differentiation of the Paneth cell lineage. Sci Rep. 2015;5(1): 10.1038/srep08383 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]23. Gassler N, Schnolzer M, Rohr C, et al. Expression of calnexin reflects paneth cell differentiation and function. Lab Invest. 2002;82(12):1647‐1659. 10.1097/01.lab.0000041709.42598.4a [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]24. Girardin SE, Boneca IG, Viala J, et al. Nod2 is a general sensor of peptidoglycan through muramyl dipeptide (MDP) detection. J Biol Chem. 2003;278(11):8869‐8872. 10.1074/jbc.C200651200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]25. Podolsky DK. Regulation of intestinal epithelial proliferation: a few answers, many questions. Am J Physiol. 1993;264(2 Pt 1):G179‐G186. 10.1152/ajpgi.1993.264.2.G179 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]26. Vidrich A, Buzan JM, Brodrick B, et al. Fibroblast growth factor receptor‐3 regulates Paneth cell lineage allocation and accrual of epithelial stem cells during murine intestinal development. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2009;297(1):G168‐G178. 10.1152/ajpgi.90589.2008 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]27. Kim T, Gondre‐Lewis MC, Arnaoutova I, Loh YP. Dense‐core secretory granule biogenesis. Physiology (Bethesda). 2006;21:124‐133. 10.1152/physiol.00043.2005 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]28. Zhang Q, Pan Y, Yan R, et al. Commensal bacteria direct selective cargo sorting to promote symbiosis. Nat Immunol. 2015;16(9):918‐926. 10.1038/ni.3233 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]29. Nakamura N, Lill JR, Phung Q, et al. Endosomes are specialized platforms for bacterial sensing and NOD2 signalling. Nature. 2014;509(7499):240‐244. 10.1038/nature13133 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]30. Lavoie S, Conway KL, Lassen KG, et al. The Crohn’s disease polymorphism, ATG16L1 T300A, alters the gut microbiota and enhances the local Th1/Th17 response. eLife. 2019;8:e39982. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]31. Zhang H, Zheng L, McGovern DP, et al. Myeloid ATG16L1 facilitates host‐bacteria interactions in maintaining intestinal homeostasis. J Immunol. 2017;198(5):2133‐2146. 10.4049/jimmunol.1601293 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]32. Cadwell K, Liu JY, Brown SL, et al. A key role for autophagy and the autophagy gene Atg16l1 in mouse and human intestinal Paneth cells. Nature. 2008;456(7219):259‐263. 10.1038/nature07416 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]33. Weidberg H, Shvets E, Shpilka T, Shimron F, Shinder V, Elazar Z. LC3 and GATE‐16/GABARAP subfamilies are both essential yet act differently in autophagosome biogenesis. EMBO J. 2010;29(11):1792‐1802. 10.1038/emboj.2010.74 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]34. Pavel M, Rubinsztein DC. Mammalian autophagy and the plasma membrane. FEBS J. 2017;284(5):672‐679. 10.1111/febs.13931 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]35. Tanida I, Ueno T, Kominami E. LC3 conjugation system in mammalian autophagy. Int J Biochem Cell Biol. 2004;36(12):2503‐2518. 10.1016/j.biocel.2004.05.009 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]36. Tanida I, Sou YS, Ezaki J, Minematsu‐Ikeguchi N, Ueno T, Kominami E. HsAtg4B/HsApg4B/autophagin‐1 cleaves the carboxyl termini of three human Atg8 homologues and delipidates microtubule‐associated protein light chain 3‐ and GABAA receptor‐associated protein‐phospholipid conjugates. J Biol Chem. 2004;279(35):36268‐36276. 10.1074/jbc.M401461200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]37. Tanida I, Tanida‐Miyake E, Komatsu M, Ueno T, Kominami E. Human Apg3p/Aut1p homologue is an authentic E2 enzyme for multiple substrates, GATE‐16, GABARAP, and MAP‐LC3, and facilitates the conjugation of hApg12p to hApg5p. J Biol Chem. 2002;277(16):13739‐13744. 10.1074/jbc.M200385200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]38. Hanada T, Noda NN, Satomi Y, et al. The Atg12‐Atg5 conjugate has a novel E3‐like activity for protein lipidation in autophagy. J Biol Chem. 2007;282(52):37298‐37302. 10.1074/jbc.C700195200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]39. Jones EJ, Matthews ZJ, Gul L, et al. Integrative analysis of Paneth cell proteomic and transcriptomic data from intestinal organoids reveals functional processes dependent on autophagy. Dis Model Mech. 2019;12(3):dmm.037069 10.1242/dmm.037069 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]40. Hubbard VM, Cadwell K. Viruses, autophagy genes, and Crohn’s disease. Viruses. 2011;3(7):1281‐1311. 10.3390/v3071281 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]41. Liang S, Lv ZT, Zhang JM, et al. Necrostatin‐1 attenuates trauma‐induced mouse osteoarthritis and IL‐1beta induced apoptosis via HMGB1/TLR4/SDF‐1 in primary mouse chondrocytes. Front Pharmacol. 2018;9:1378 10.3389/fphar.2018.01378 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]42. Randow F, Youle RJ. Self and nonself: how autophagy targets mitochondria and bacteria. Cell Host Microbe. 2014;15(4):403‐411. 10.1016/j.chom.2014.03.012 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]43. Puri C, Renna M, Bento CF, Moreau K, Rubinsztein DC. Diverse autophagosome membrane sources coalesce in recycling endosomes. Cell. 2013;154(6):1285‐1299. 10.1016/j.cell.2013.08.044 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]44. Moreau K, Ghislat G, Hochfeld W, et al. Transcriptional regulation of Annexin A2 promotes starvation‐induced autophagy. Nat Commun. 2015;6:8045 10.1038/ncomms9045 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]45. Morozova K, Sridhar S, Zolla V, et al. Annexin A2 promotes phagophore assembly by enhancing Atg16L(+) vesicle biogenesis and homotypic fusion. Nat Commun. 2015;6:5856 10.1038/ncomms6856 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]46. Liu TC, Kern JT, VanDussen KL, et al. Interaction between smoking and ATG16L1T300A triggers Paneth cell defects in Crohn’s disease. J Clin Invest. 2018;128(11):5110‐5122. 10.1172/JCI120453 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]47. Rosen ED, Spiegelman BM. PPARgamma : a nuclear regulator of metabolism, differentiation, and cell growth. J Biol Chem. 2001;276(41):37731‐37734. 10.1074/jbc.R100034200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]48. Cadwell K, Patel KK, Maloney NS, et al. Virus‐plus‐susceptibility gene interaction determines Crohn’s disease gene Atg16L1 phenotypes in intestine. Cell. 2010;141(7):1135‐1145. 10.1016/j.cell.2010.05.009 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]49. Mehto S, Jena KK, Nath P, et al. The Crohn’s disease risk factor IRGM limits NLRP3 inflammasome activation by impeding its assembly and by mediating its selective autophagy. Mol Cell. 2019;73(3):429‐445 e7. 10.1016/j.molcel.2018.11.018 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]50. Guo H, Callaway JB, Ting JP. Inflammasomes: mechanism of action, role in disease, and therapeutics. Nat Med. 2015;21(7):677‐687. 10.1038/nm.3893 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]51. Chauhan S, Mandell MA, Deretic V. IRGM governs the core autophagy machinery to conduct antimicrobial defense. Mol Cell. 2015;58(3):507‐521. 10.1016/j.molcel.2015.03.020 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]52. Kim J, Kim YC, Fang C, et al. Differential regulation of distinct Vps34 complexes by AMPK in nutrient stress and autophagy. Cell. 2013;152(1‐2):290‐303. 10.1016/j.cell.2012.12.016 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]53. Liu B, Gulati AS, Cantillana V, et al. Irgm1‐deficient mice exhibit Paneth cell abnormalities and increased susceptibility to acute intestinal inflammation. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2013;305(8):G573‐G584. 10.1152/ajpgi.00071.2013 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]54. Teimoori‐Toolabi L, Samadpoor S, Mehrtash A, Ghadir M, Vahedi H. Among autophagy genes, ATG16L1 but not IRGM is associated with Crohn’s disease in Iranians. Gene. 2018;675:176‐184. 10.1016/j.gene.2018.06.074 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]55. Hayward P, Kalmar T, Arias AM. Wnt/Notch signalling and information processing during development. Development. 2008;135(3):411‐424. 10.1242/dev.000505 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]56. van Es JH, Jay P, Gregorieff A, et al. Wnt signalling induces maturation of Paneth cells in intestinal crypts. Nat Cell Biol. 2005;7(4):381‐386. 10.1038/ncb1240 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]57. Batlle E, Henderson JT, Beghtel H, et al. Beta‐catenin and TCF mediate cell positioning in the intestinal epithelium by controlling the expression of EphB/ephrinB. Cell. 2002;111(2):251‐263. 10.1016/s0092-8674(02)01015-2 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]58. Mallow EB, Harris A, Salzman N, et al. Human enteric defensins. Gene structure and developmental expression. J Biol Chem. 1996;271(8):4038‐4045. 10.1074/jbc.271.8.4038 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]59. Perminow G, Beisner J, Koslowski M, et al. Defective paneth cell‐mediated host defense in pediatric ileal Crohn’s disease. Am J Gastroenterol. 2010;105(2):452‐459. 10.1038/ajg.2009.643 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]60. Andreu P, Colnot S, Godard C, et al. Crypt‐restricted proliferation and commitment to the Paneth cell lineage following Apc loss in the mouse intestine. Development. 2005;132(6):1443‐1451. 10.1242/dev.01700 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]61. Wellcome Trust Case Control C . Genome‐wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature 2007;447(7145):661‐678. 10.1038/nature05911 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]62. Franchimont D, Vermeire S, El Housni H, et al. Deficient host‐bacteria interactions in inflammatory bowel disease? The toll‐like receptor (TLR)‐4 Asp299gly polymorphism is associated with Crohn’s disease and ulcerative colitis. Gut. 2004;53(7):987‐992. 10.1136/gut.2003.030205 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]63. Fellermann K, Stange DE, Schaeffeler E, et al. A chromosome 8 gene‐cluster polymorphism with low human beta‐defensin 2 gene copy number predisposes to Crohn disease of the colon. Am J Hum Genet. 2006;79(3):439‐448. 10.1086/505915 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]64. Koslowski MJ, Kubler I, Chamaillard M, et al. Genetic variants of Wnt transcription factor TCF‐4 (TCF7L2) putative promoter region are associated with small intestinal Crohn’s disease. PLoS One. 2009;4(2):e4496 10.1371/journal.pone.0004496 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]65. Koslowski MJ, Teltschik Z, Beisner J, et al. Association of a functional variant in the Wnt co‐receptor LRP6 with early onset ileal Crohn’s disease. PLoS Genet. 2012;8(2):e1002523 10.1371/journal.pgen.1002523 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]66. Liu G, Bafico A, Harris VK, Aaronson SA. A novel mechanism for Wnt activation of canonical signaling through the LRP6 receptor. Mol Cell Biol. 2003;23(16):5825‐5835. 10.1128/mcb.23.16.5825-5835.2003 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]67. Witoelar A, Jansen IE, Wang Y, et al. Genome‐wide pleiotropy between parkinson disease and autoimmune diseases. JAMA Neurol. 2017;74(7):780‐792. 10.1001/jamaneurol.2017.0469 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]68. Manzoni C, Lewis PA. LRRK2 and autophagy. Adv Neurobiol. 2017;14:89‐105. 10.1007/978-3-319-49969-7_5 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]69. Lagger G, O’Carroll D, Rembold M, et al. Essential function of histone deacetylase 1 in proliferation control and CDK inhibitor repression. EMBO J. 2002;21(11):2672‐2681. 10.1093/emboj/21.11.2672 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]70. Montgomery RL, Davis CA, Potthoff MJ, et al. Histone deacetylases 1 and 2 redundantly regulate cardiac morphogenesis, growth, and contractility. Genes Dev. 2007;21(14):1790‐1802. 10.1101/gad.1563807 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]71. Turgeon N, Blais M, Gagne JM, et al. HDAC1 and HDAC2 restrain the intestinal inflammatory response by regulating intestinal epithelial cell differentiation. PLoS One. 2013;8(9):e73785 10.1371/journal.pone.0073785 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]72. Turgeon N, Gagne JM, Blais M, Gendron FP, Boudreau F, Asselin C. The acetylome regulators Hdac1 and Hdac2 differently modulate intestinal epithelial cell dependent homeostatic responses in experimental colitis. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2014;306(7):G594‐605. 10.1152/ajpgi.00393.2013 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]73. Zhuang S. Regulation of STAT signaling by acetylation. Cell Signal. 2013;25(9):1924‐1931. 10.1016/j.cellsig.2013.05.007 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]74. Shakespear MR, Halili MA, Irvine KM, Fairlie DP, Sweet MJ. Histone deacetylases as regulators of inflammation and immunity. Trends Immunol. 2011;32(7):335‐343. 10.1016/j.it.2011.04.001 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]75. Maelfait J, Beyaert R. Non‐apoptotic functions of caspase‐8. Biochem Pharmacol. 2008;76(11):1365‐1373. 10.1016/j.bcp.2008.07.034 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]76. Kaemmerer E, Kuhn P, Schneider U, et al. Intestinal genetic inactivation of caspase‐8 diminishes migration of enterocytes. World J Gastroenterol. 2015;21(15):4499‐4508. 10.3748/wjg.v21.i15.4499 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]77. Hall PA, Coates PJ, Ansari B, Hopwood D. Regulation of cell number in the mammalian gastrointestinal tract: the importance of apoptosis. J Cell Sci. 1994;107(Pt 12):3569‐3577. [PubMed] [Google Scholar]78. Moujalled DM, Cook WD, Okamoto T, et al. TNF can activate RIPK3 and cause programmed necrosis in the absence of RIPK1. Cell Death Dis. 2013;4(1):e465 10.1038/cddis.2012.201 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]79. Holler N, Zaru R, Micheau O, et al. Fas triggers an alternative, caspase‐8‐independent cell death pathway using the kinase RIP as effector molecule. Nat Immunol. 2000;1(6):489‐495. 10.1038/82732 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]80. Vercammen D, Vandenabeele P, Beyaert R, Declercq W, Fiers W. Tumour necrosis factor‐induced necrosis versus anti‐Fas‐induced apoptosis in L929 cells. Cytokine. 1997;9(11):801‐808. 10.1006/cyto.1997.0252 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]81. Jeon MK, Kaemmerer E, Schneider U, et al. Notch inhibition counteracts Paneth cell death in absence of caspase‐8. Virchows Arch. 2018;473(1):71‐83. 10.1007/s00428-018-2368-3 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]82. Fiuza UM, Arias AM. Cell and molecular biology of Notch. J Endocrinol. 2007;194(3):459‐474. 10.1677/JOE-07-0242 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]83. Rodilla V, Villanueva A, Obrador‐Hevia A, et al. Jagged1 is the pathological link between Wnt and Notch pathways in colorectal cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106(15):6315‐6320. 10.1073/pnas.0813221106 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]84. Alvarado DM, Chen B, Iticovici M, et al. Epithelial indoleamine 2,3‐dioxygenase 1 modulates aryl hydrocarbon receptor and notch signaling to increase differentiation of secretory cells and alter mucus‐associated microbiota. Gastroenterology. 2019;157(4):1093‐1108.e11. 10.1053/j.gastro.2019.07.013 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]85. Gunther C, Ruder B, Stolzer I, et al. Interferon lambda promotes Paneth cell death Via STAT1 signaling in mice and is increased in inflamed Ileal tissues of patients with Crohn’s disease. Gastroenterology. 2019;157(5):1310‐1322.e13. 10.1053/j.gastro.2019.07.031 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]86. Neurath MF. Cytokines in inflammatory bowel disease. Nat Rev Immunol. 2014;14(5):329‐342. 10.1038/nri3661 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]87. Rodriguez DA, Weinlich R, Brown S, et al. Characterization of RIPK3‐mediated phosphorylation of the activation loop of MLKL during necroptosis. Cell Death Differ. 2016;23(1):76‐88. 10.1038/cdd.2015.70 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]88. Negroni A, Colantoni E, Pierdomenico M, et al. RIP3 AND pMLKL promote necroptosis‐induced inflammation and alter membrane permeability in intestinal epithelial cells. Dig Liver Dis. 2017;49(11):1201‐1210. 10.1016/j.dld.2017.08.017 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]89. Gunther C, Neumann H, Neurath MF, Becker C. Apoptosis, necrosis and necroptosis: cell death regulation in the intestinal epithelium. Gut. 2013;62(7):1062‐1071. 10.1136/gutjnl-2011-301364 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]90. Calfon M, Zeng H, Urano F, et al. IRE1 couples endoplasmic reticulum load to secretory capacity by processing the XBP‐1 mRNA. Nature. 2002;415(6867):92‐96. 10.1038/415092a [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]91. Shaffer AL, Shapiro‐Shelef M, Iwakoshi NN, et al. XBP1, downstream of Blimp‐1, expands the secretory apparatus and other organelles, and increases protein synthesis in plasma cell differentiation. Immunity. 2004;21(1):81‐93. 10.1016/j.immuni.2004.06.010 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]92. Lee AH, Chu GC, Iwakoshi NN, Glimcher LH. XBP‐1 is required for biogenesis of cellular secretory machinery of exocrine glands. EMBO J. 2005;24(24):4368‐4380. 10.1038/sj.emboj.7600903 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]93. Urano F, Wang X, Bertolotti A, et al. Coupling of stress in the ER to activation of JNK protein kinases by transmembrane protein kinase IRE1. Science. 2000;287(5453):664‐666. 10.1126/science.287.5453.664 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]94. Barrett JC, Fry B, Maller J, Daly MJ. Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics. 2005;21(2):263‐265. 10.1093/bioinformatics/bth457 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]95. Okamoto R, Watanabe M. Role of epithelial cells in the pathogenesis and treatment of inflammatory bowel disease. J Gastroenterol. 2016;51(1):11‐21. 10.1007/s00535-015-1098-4 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]96. VanDussen KL, Liu TC, Li D, et al. Genetic variants synthesize to produce paneth cell phenotypes that define subtypes of Crohn’s disease. Gastroenterology. 2014;146(1):200‐209. 10.1053/j.gastro.2013.09.048 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]97. Liu TC, Gao F, McGovern DP, Stappenbeck TS. Spatial and temporal stability of paneth cell phenotypes in Crohn’s disease: implications for prognostic cellular biomarker development. Inflamm Bowel Dis. 2014;20(4):646‐651. 10.1097/01.MIB.0000442838.21040.d7 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]98. de Bruyn M, Vermeire S. NOD2 and bacterial recognition as therapeutic targets for Crohn’s disease. Expert Opin Ther Targets. 2017;21(12):1123‐1139. 10.1080/14728222.2017.1397627 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]99. Cullen TW, Schofield WB, Barry NA, et al. Gut microbiota. Antimicrobial peptide resistance mediates resilience of prominent gut commensals during inflammation. Science. 2015;347(6218):170‐175. 10.1126/science.1260580 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]100. Jarczak J, Kosciuczuk EM, Lisowski P, et al. Defensins: natural component of human innate immunity. Hum Immunol. 2013;74(9):1069‐1079. 10.1016/j.humimm.2013.05.008 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]101. Stange EF, Wehkamp J. Recent advances in understanding and managing Crohn’s disease. F1000Res. 2016;5:2896 10.12688/f1000research.9890.1 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]102. Lauro ML, Burch JM, Grimes CL. The effect of NOD2 on the microbiota in Crohn’s disease. Curr Opin Biotechnol. 2016;40:97‐102. 10.1016/j.copbio.2016.02.028 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]103. Melnyk JE, Mohanan V, Schaefer AK, Hou CW, Grimes CL. Peptidoglycan modifications tune the stability and function of the innate immune receptor Nod2. J Am Chem Soc. 2015;137(22):6987‐6990. 10.1021/jacs.5b01607 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]104. Rubino SJ, Magalhaes JG, Philpott D, Bahr GM, Blanot D, Girardin SE. Identification of a synthetic muramyl peptide derivative with enhanced Nod2 stimulatory capacity. Innate Immun. 2013;19(5):493‐503. 10.1177/1753425912471691 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]105. Tigno‐Aranjuez JT, Benderitter P, Rombouts F, et al. In vivo inhibition of RIPK2 kinase alleviates inflammatory disease. J Biol Chem. 2014;289(43):29651‐29664. 10.1074/jbc.M114.591388 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]106. Oshima S, Watanabe M. Genetic and environmental factors drive personalized medicine for Crohn’s disease. J Clin Invest. 2018;128(11):4758‐4760. 10.1172/JCI124303 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]107. Nuij V, Peppelenbosch MP, van der Woude CJ, Fuhler GM. Genetic polymorphism in ATG16L1 gene is associated with adalimumab use in inflammatory bowel disease. J Transl Med. 2017;15(1):248 10.1186/s12967-017-1355-9 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]108. Courth LF, Ostaff MJ, Mailander‐Sanchez D, Malek NP, Stange EF, Wehkamp J. Crohn’s disease‐derived monocytes fail to induce Paneth cell defensins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112(45):14000‐14005. 10.1073/pnas.1510084112 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]109. Khaloian S, Rath E, Hammoudi N, et al. Mitochondrial impairment drives intestinal stem cell transition into dysfunctional Paneth cells predicting Crohn’s disease recurrence. Gut. 2020;69(11):1939‐1951. 10.1136/gutjnl-2019-319514 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]110. Butto LF, Pelletier A, More SK, et al. Intestinal stem cell niche defects result in impaired 3D organoid formation in mouse models of Crohn’s disease‐like ileitis. Stem Cell Reports. 2020;15(2):389‐407. 10.1016/j.stemcr.2020.06.017 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]111. Roulis M, Bongers G, Armaka M, et al. Host and microbiota interactions are critical for development of murine Crohn’s‐like ileitis. Mucosal Immunol. 2016;9(3):787‐797. 10.1038/mi.2015.102 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]112. Wehkamp J, Stange EF. An Update Review on the Paneth Cell as Key to Ileal Crohn’s Disease. Front Immunol. 2020;11:646 10.3389/fimmu.2020.00646 [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]113. Wehkamp J, Stange EF. Paneth’s disease. J Crohns Colitis. 2010;4(5):523‐531. 10.1016/j.crohns.2010.05.010 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]114. Wehkamp J, Chu H, Shen B, et al. Paneth cell antimicrobial peptides: topographical distribution and quantification in human gastrointestinal tissues. FEBS Lett. 2006;580(22):5344‐5350. 10.1016/j.febslet.2006.08.083 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]115. Bevins CL. The Paneth cell and the innate immune response. Curr Opin Gastroenterol. 2004;20(6):572‐580. [PubMed] [Google Scholar]116. Wehkamp J, Schmid M, Stange EF. Defensins and other antimicrobial peptides in inflammatory bowel disease. Curr Opin Gastroenterol. 2007;23(4):370‐378. 10.1097/MOG.0b013e328136c580 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]117. Andreu P, Peignon G, Slomianny C, et al. A genetic study of the role of the Wnt/beta‐catenin signalling in Paneth cell differentiation. Dev Biol. 2008;324(2):288‐296. 10.1016/j.ydbio.2008.09.027 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]118. Inohara C, McDonald C, Nunez G. NOD‐LRR proteins: role in host‐microbial interactions and inflammatory disease. Annu Rev Biochem. 2005;74:355‐383. 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133347 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]119. Ogura Y, Inohara N, Benito A, Chen FF, Yamaoka S, Nunez G. Nod2, a Nod1/Apaf‐1 family member that is restricted to monocytes and activates NF‐kappaB. J Biol Chem. 2001;276(7):4812‐4818. 10.1074/jbc.M008072200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]120. Gutierrez O, Pipaon C, Inohara N, et al. Induction of Nod2 in myelomonocytic and intestinal epithelial cells via nuclear factor‐kappa B activation. J Biol Chem. 2002;277(44):41701‐41705. 10.1074/jbc.M206473200 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]121. Germain A, Gueant RM, Chamaillard M, et al. NOD2 gene variant is a risk factor for postoperative complications in patients with Crohn’s disease: A genetic association study. Surgery. 2016;160(1):74‐80. 10.1016/j.surg.2016.01.013 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]122. Freire P, Portela F, Donato MM, Ferreira M, Andrade P, Sofia C. CARD15 mutations and perianal fistulating Crohn’s disease: correlation and predictive value of antibiotic response. Dig Dis Sci. 2011;56(3):853‐859. 10.1007/s10620-010-1331-1 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]123. Juanola O, Moratalla A, Gutierrez A, et al. Anti‐TNF‐alpha loss of response is associated with a decreased percentage of FoxP3+ T cells and a variant NOD2 genotype in patients with Crohn’s disease. J Gastroenterol. 2015;50(7):758‐768. 10.1007/s00535-014-1020-5 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]124. Gutierrez A, Scharl M, Sempere L, et al. Genetic susceptibility to increased bacterial translocation influences the response to biological therapy in patients with Crohn’s disease. Gut. 2014;63(2):272‐280. 10.1136/gutjnl-2012-303557 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]125. Murthy A, Li Y, Peng I, et al. A Crohn’s disease variant in Atg16l1 enhances its degradation by caspase 3. Nature. 2014;506(7489):456‐462. 10.1038/nature13044 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]